החיסרון הגדול ביותר של סוללת הליתיום 18650 הוא שהגודל שלה תוקן, והיא לא ממוקמת היטב כשהיא מותקנת בחלק מהמחברות או במוצרים מסוימים. כמובן שניתן לומר שגם חסרון זה מהווה יתרון. זאת בהשוואה לסוללות ליתיום אחרות כמו סוללות ליתיום פולימריות. זהו חיסרון מבחינת גודל הניתן להתאמה אישית ולשינוי. בהשוואה למוצרים מסוימים עם מפרטי סוללה מוגדרים, זה הפך ליתרון.

ייצור סוללות ליתיום 18650 דורש מעגל הגנה כדי למנוע טעינת יתר של הסוללה ולגרום לפריקה. כמובן, זה הכרחי עבור סוללות ליתיום, וזה גם חסרון נפוץ של סוללות ליתיום, מכיוון שהחומרים המשמשים בסוללות ליתיום הם בעצם חומרי ליתיום קובלט אוקסיד, וחומרי ליתיום קובלט אוקסיד אינם יכולים לפרוק בזרמים גבוהים, וזה בטוח גרוע.

סוללת הליתיום 18650 דורשת תנאי ייצור גבוהים. בהשוואה לייצור המצבר הכללי, סוללת הליתיום 18650 דורשת תנאי ייצור גבוהים, מה שללא ספק מגדיל את עלות הייצור.