Највећи недостатак литијумске батерије 18650 је што је њена величина фиксна и није добро позиционирана када се инсталира у неке нотебоок рачунаре или неке производе. Наравно, за овај недостатак се такође може рећи да је предност. Ово се пореди са другим литијумским батеријама као што су полимер литијумске батерије. Ово је недостатак у смислу прилагодљиве и трансформабилне величине. У поређењу са неким производима са наведеним спецификацијама батерија, то је постало предност.

Производња 18650 литијумских батерија захтева заштитно коло како би се спречило да се батерија препуни и да изазове пражњење. Наравно, ово је неопходно за литијумске батерије, што је такође уобичајени недостатак литијумских батерија, јер су материјали који се користе у литијумским батеријама у основи материјали од литијум кобалт оксида, а материјали од литијум кобалт оксида не могу да се испразне при великим струјама, што је безбедно.

Литијумска батерија 18650 захтева високе услове производње. У поређењу са општом производњом батерија, литијумска батерија 18650 захтева високе услове производње, што несумњиво повећава трошкове производње.