18650鋰電池最大的缺點就是尺寸已經固定了，安裝在一些筆記本或者一些產品上的時候位置不太好。 當然，這個缺點也可以說是優點。 這與聚合物鋰電池等其他鋰電池相比。 這在可定制和可變形的尺寸方面是一個缺點。 相對於一些指定電池規格的產品，它已經成為一個優勢。

18650鋰電池的生產需要有保護電路，防止電池過充引起放電。 當然，這對於鋰電池來說是必須的，這也是鋰電池的通病，因為鋰電池使用的材料基本都是鈷酸鋰材料，鈷酸鋰材料不能大電流放電，安全性較差。

18650鋰電池對生產條件要求高。 與一般電池生產相比，18650鋰電池對生產條件的要求較高，這無疑增加了生產成本。